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Description | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GeneOntology - parse and index Gene Ontology Annotations In particular, the file 'gene_association.goa_uniprot' that contains links between GO terms and UniProt accessions.
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Synopsis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Basic data types | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Reading the OBO format | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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A list of Go definitions, with pointers to parent nodes. Read from the .obo file. The user may construct the explicit hierachy by storing these in a Map or similar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Read the GO hierarchy from the obo file. Note that this is not quite a tree structure. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reading 'terms and ids' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Read GO term definitions, from the GO.terms_and_ids file | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reading UniProt associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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A UniProt identifier (short string of capitals and numbers). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Read the goa_uniprot file (warning: this one is huge!) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The vast majority of GOA data is IEA, while the most reliable information is manually curated. Filtering on this is useful to keep data set sizes manageable, too. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Utility stuff | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Produced by Haddock version 2.6.1 |