RNAlien-1.3.7: Unsupervized construction of RNA family models

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alignedBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
alignmentModeInfernalBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
blastDatabaseBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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blastSoftmaskingToggleBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
buildSequenceViaMD5QueryBio.RNAcentralHTTP
buildStringViaMD5QueryBio.RNAcentralHTTP
candidatesBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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checkTaxonomyRestrictionBio.RNAlienLibrary
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CMsearch 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
CMsearchHit 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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CMstat 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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inputFastaBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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lengthFilterToggleBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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ModelConstruction 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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nSCICutoffBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
nucleotideSequenceBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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parseCMSearchesBio.InfernalParser
parseCMstatBio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
potentialMembersBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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preprocessClustalForRNAzBio.RNAlienLibrary
preprocessClustalForRNAzExternalBio.RNAlienLibrary
previousBio.RNAcentralHTTP
publicationsBio.RNAcentralHTTP
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querySelectionMethodBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
readCMSearchBio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
readCMSearchesBio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
readCMstatBio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
recordDescriptionBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
recordTaxonomyIdBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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relativeEntropyCMBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
relativeEntropyHMMBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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RNAcentralEntry 
1 (Type/Class)Bio.RNAcentralHTTP
2 (Data Constructor)Bio.RNAcentralHTTP
RNAcentralEntryResponse 
1 (Type/Class)Bio.RNAcentralHTTP
2 (Data Constructor)Bio.RNAcentralHTTP
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rnacentral_idBio.RNAcentralHTTP
rnaZEvalOutputBio.RNAlienLibrary
SearchResult 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
selectedQueriesBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
sequenceBio.RNAcentralHTTP
SequenceRecord 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
sequenceRecordsBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
sessionIDBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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singleHitperTaxToggleBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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statConsensusLengthBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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StaticOptions 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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statIndexBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
statModelBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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statSequenceNumberBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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systemCMsearchBio.RNAlienLibrary
targetSequenceDatabaseBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
taxonomicContextBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
TaxonomyRecord 
1 (Type/Class)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
2 (Data Constructor)Bio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
taxRecordsBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
taxRestrictionBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
tempDirPathBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
upperTaxonomyLimitBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
urlBio.RNAcentralHTTP
userTaxIdBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
verbositySwitchBio.RNAlienData, Bio.InfernalParser, Bio.RNAlienLibrary
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