Taxonomy-1.0.3: Libary for parsing, processing and vizualization of taxonomy data

Index

abbreviationBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
assemblyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
cdeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
citIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
citKeyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
ClassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
classCDEBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
CohortBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
compareRankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
compareScientificNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
compareSubTreesBio.Taxonomy
CompareTaxon 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
createDateBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
delTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
dispNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
divisionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
divisionCDEBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
divisionCommentsBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
divisionIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
divisonNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
DomainBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
drawTaxonomyBio.Taxonomy
drawTaxonomyComparisonBio.Taxonomy
emblCodeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
endPositionOnTheGenomicAccessionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
extractTaxonomySubTreebyLevelBio.Taxonomy
extractTaxonomySubTreebyLevelNewBio.Taxonomy
extractTaxonomySubTreebyRankBio.Taxonomy
FamilyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
FormBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
genBankHiddenFlagBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
Gene2Accession 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
geneCodeNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
geneIDBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
geneticCodeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
geneticCodeIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
genomicNucleotideAccessionVersionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
genomicNucleotideGiBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
GenusBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
getParentbyRankBio.Taxonomy
hiddenSubtreeRootFlagBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
InfraclassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
InfrakingdomBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
InfraorderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
InfraphylumBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
InfraspeciesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
inheritedDivFlagBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
inheritedGCFlagBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
inheritedMGCFlagBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
inTreeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
KingdomBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
LegionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
lineageBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
lineageExBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
lineageRankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
lineageScienticNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
lineageTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
LineageTaxon 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
MagnorderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
maturePeptideAccessionVersionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
maturePeptideGiBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
medlineIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
MicrophylumBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
mitochondrialGeneticCodeIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
mitoGeneticCodeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nameClassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nameTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nameTxtBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
NCBITaxDump 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
newTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nodeCommentsBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nodeDivisionIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
nodeGeneticCodeIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
NorankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
oldTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
OrderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
orientationBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
parentTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
parseNCBISimpleTaxonsBio.Taxonomy
parseNCBITaxCitationsBio.Taxonomy
parseNCBITaxDelNodesBio.Taxonomy
parseNCBITaxDivisionsBio.Taxonomy
parseNCBITaxGenCodesBio.Taxonomy
parseNCBITaxMergedNodesBio.Taxonomy
parseNCBITaxNamesBio.Taxonomy
parseNCBITaxNodesBio.Taxonomy
parseTaxonomyBio.Taxonomy
ParvclassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
ParvorderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
PhylumBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
proteinAccessionVersionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
proteinGiBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
pubDateBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
pubmedIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
RankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
rankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
readNamedTaxonomyBio.Taxonomy
readNCBISimpleTaxonsBio.Taxonomy
readNCBITaxCitationsBio.Taxonomy
readNCBITaxDelNodesBio.Taxonomy
readNCBITaxDivisionsBio.Taxonomy
readNCBITaxGenCodesBio.Taxonomy
readNCBITaxMergedNodesBio.Taxonomy
readNCBITaxNamesBio.Taxonomy
readNCBITaxNodesBio.Taxonomy
readNCBITaxonomyDatabaseBio.Taxonomy
readsRankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
readTaxonomyBio.Taxonomy
rnaNucleotideAccessionVersionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
rnaNucleotideGiBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
safeNodePathBio.Taxonomy
SectionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SeriesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SimpleGene2Accession 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleGenomicNucleotideAccessionVersionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleParentTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleRankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleScientificNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleTaxIdEntryBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SimpleTaxon 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
simpleTaxonJSONValueBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SpeciesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SpeciesgroupBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SpeciessubgroupBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
startPositionOnTheGenomicAccessionBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
startsBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
statusBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubclassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubfamilyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubgenusBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubkingdomBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuborderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubphylumBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubspeciesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SubtribeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperclassBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperfamilyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperkingdomBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperorderBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperphylumBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SuperspeciesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
SupertribeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxCitation 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxCitationsBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxDelNode 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxDelNodesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxDivision 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxDivisionsBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxGenCode 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxGenCodesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxIdEntryBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxIdListBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxMergedNode 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxMergedNodesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxName 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxNamesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxNode 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxNodesBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
Taxon 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TaxonName 
1 (Type/Class)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
2 (Data Constructor)Bio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxonParentTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxonRankBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxonScientificNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
taxonTaxIdBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
textBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
TribeBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
uniqueNameBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
updateDateBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
urlBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
VarietyBio.TaxonomyData, Bio.Taxonomy
writeDotTreeBio.Taxonomy
writeJsonTreeBio.Taxonomy
writeTreeBio.Taxonomy